El Huracán María, una tormenta de Categoría 5, atravesó Puerto Rico y las Islas Vírgenes el día 21 de Septiembre. Se contabilizaron 15 fallecidos y la tormenta dejó sin electricidad a toda la isla. Se ha descrito como la tormenta más devastadora en este territorio en los últimos cien años.

Tras pasar Dominica, María se debilitó y bajo a Categoría 4, pero recuperó fuerza rápidamente. Unas 12 000 personas buscaron refugio en 500 albergues de emergencia según la tormenta avanzaba en Puerto Rico. En algunas áreas los niveles de las aguas alcanzaban medio metro de altura. Muchos hogares, especialmente aquellos construidos con madera, fueron arrasados por los fuertes vientos e inundados. Se teme que se tarden varios meses hasta poder restablecer la electricidad en la isla, debido a los severos daños en la red eléctrica.

La tormenta dejó a muchas personas varadas por las inundaciones, y además la red de comunicaciones se vio casi deshabilitada. Por ello los esfuerzos de rescate y la evaluación de los daños se vieron muy dificultados. Las estimaciones iniciales indican que San Juan, en la costa, ha sido un área particularmente afectada, y un 80% de los hogares presentan algún tipo de daño.

La isla aloja aún a parte de los evacuados de las islas caribeñas colindantes tras Irma, que se vio afectada por la periferia de ese huracán.

En las islas Vírgenes una persona perdió la vida al paso de la tormenta, que afecto particularmente la isla de Santa Cruz.